Dans le cadre de la certification "Agriculture Biologique", tous les opérateurs de la filière sont contrôlés par un organisme certificateur indépendant. Ces organismes, eux-mêmes accrédités, agréés et contrôlés par les pouvoirs publics via le Comité Français d'Accréditation (COFRAC), sont au nombre de six en France actuellement (Aclave, Agrocert, Certipaq, Ecocert, Qualité France et Ulase). Ils doivent répondre à des critères d'indépendance, d'impartialité, d'efficacité et de compétence, tels que définis par le règlement communautaire et les dispositions de la norme européenne EN 45011.
Les contrôles consistent à s'assurer du respect de la réglementation. Au niveau des producteurs, ils portent donc à la fois sur :
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